Die Schweizer Investoren wollten aber auch am boomenden Billigfliegermarkt teilhaben und entwickelten die Idee eines Low-cost-Fliegers mit Sitz in Zürich. Die Schweiz wies traditionell die höchsten Flugpreise in Europa auf. 2002 wurde die Swissair in den Konkurs geschickt und die aus der Crossair hervorgegangene Swiss stand noch auf wackeligen Beinen. Der Zeitpunkt konnte nicht besser für den Start der Helvetic Airways sein. Um schnell starten zu können wurde das Betriebszertifikat von Odette Airways genutzt und Fokker 100 angeschafft, die von American Airlines ausgemustert wurden. Der erste Flug der Helvetic führte dann am 28. November 2003 von Zürich nach Wien. Mit dem Eintreffen einer zweiten Fokker waren weitere Ziele wie Valencia, Brüssel, Palma, Nizza, Prag, Marseille und Venedig möglich. Auffällig war der Mix aus Business- und Urlaubszielen: morgens starteten die Fokker zu Geschäftsmetropolen, flogen tagsüber Touristen an die Strände und holten abends die Business-Kunden wieder ab.

Die Fokker-Flotte wuchs zwischenzeitlich auf sieben Maschinen an, wurde jedoch inzwischen auf vier Exemplare reduziert. Mit ihnen werden hauptsächlich Ziele in Spanien und Italien angeflogen. Von den Business-Routen ist einzig London übriggeblieben.
Im März 2006 übernahm die Patinex AG, eine Beteiligungsgesellschaft, die Mehrheit an der Helvetic Airways AG.