Um die Tourismusindustrie anzukurbeln verständigten sich die marokkanische Regierung und RAM am 10. Februar 2004 auf die Gründung einer Low-cost-Tochter. Offizielles Gründungsdatum ist der 28. Mai 2004. Als Namensgeber fungiert das Atlas-Gebirge.
Die ersten Urlauber bestiegen am 26. Juli 2004 in Marrakesch eine Boeing 737-400 und flogen von dort heim nach Lyon. Bis zum Auslaufen des Sommerflugplanes war Atlas Blue als Charterairline für den französischen Veranstalter Etapes Nouvelles tätig. Zum Winter folgte dann die Umstellung auf regelmäßigen Linienbetrieb. Neben Lyon waren nun auch Brüssel, London-Gatwick, Zürich, Genf und Amsterdam im Flugplan als Ziele ab Marrakesch und Agadir aufgeführt. Da die Flotte um weitere Maschinen vom Typ Boeing 737-400 anwuchs, konnten im ersten Betriebsjahr schon rund 924.000 Passagiere befördert werden.

Der Businessplan für die nächsten fünf Jahre sieht die Erschließung weiterer europäischer Ziele vor. Dafür werden jährlich je zwei weitere Flugzeuge übernommen. Bis Jahresende 2006 waren Atlas Blue-Maschinen auch in Basel, Berlin-Tegel, Düsseldorf, Frankfurt, München, Bordeaux, Toulouse, Paris-Orly, Dublin, Mailand, Zürich und Lissabon; wenn auch teils nur als Saisongäste. Auch Wien war als Flugziel vorgesehen, doch wurde dieses Vorhaben im Dezember 2005 auf Eis gelegt.

Die Wartung der gut 13 Jahre alten Maschinen erfolgt bei RAM. Tickets können über die Website, Call-Center und ausgewählte Partneragenturen gebucht werden. Lufthansa System zeichnet für die IT-Seite verantwortich.