Zum Jahresbeginn 2006 wurde unter dem Namen Catair Lineas Aéreas SL eine neue Airline bekannt, die Flüge ab Bilbao Richtung Amsterdam und Italien anbieten wollte. Zum September 2006 wurde das Projekt in eine Aktiengesellschaft unter dem Namen Clickair SA überführt und der Sitz nach Barcelona verlegt. Die fünf Gründungsmitglieder sind ACS (über ihr Tochterunternehmen Cobra), die Airline Iberia, das Touristikunternehmen Iberostar, die Firma Nefinsa (Inhaber der Air Nostrum – Iberia Regional) und der Risikokapitalfond Quercus Equity (gehört zur Agrolimen-Gruppe). Alle Mitglieder sind zu je 20 % an Clickair beteiligt und stellen jeweils zwei Vertreter für den Aufsichtsrat. Aufgrund der Iberia-Nähe ist der Vergleich, dass clickair die germanwings von Spanien ist, recht passend. Zudem übernimmt clickair auch einige Iberia-Routen ab Barcelona, da sich der Flag-Carrier künftig nur auf das Drehkreuz Madrid konzentrieren will. Clickair besitzt eine eigene Betriebserlaubnis (AOC), eigenes Personal, eigene Flugzeuge und operiert unabhängig von Iberia.

Flottenmuster A320
Als Flugzeugmuster entschied man sich für den Airbus A320, der in einer 1-Klassen-Bestuhlung 180 Passagiere befördern kann. Alle Maschinen werden mit modernen, blauen Ledersitzen der Marke Recaro ausgestattet. Diese sind nur wenige Zentimeter dick und bieten aufgrund von Ausbuchtungen im Kniebereich zusätzliche 3-4 cm Beinfreiheit. Laut strategischer Unternehmensplanung will clickair bis Jahresende 2007 20 A320 in der Flotte haben. 2008 sollen es dann bereits 30 sein. Da die Maschinen möglichst oft in der Luftsein sollen, hält clickair mehr Crewmitglieder pro Maschine bereit, als man das sonst erwartet: fünf Besatzungen pro A320.
Barcelona El Prat ist der Hauptsitz von clickair sowie Start und Ziel der meisten Routen. In naher Zukunft sollen aber in weiteren spanischen Städten kleine Drehkreuze entstehen.

Billigflieger der 3. Generation
Gründungsanspruch der clickair ist es, zu den führenden Anbietern im europäischen Lowcost-Markt zu werden. Die Airline bezeichnet sich selbst als Lowcoster der 3. Generation. Ausgehend von Southwest Airlines, der Mutter aller Billigflieger, entstand nach dieser Sichtweise die erste Generation in Europa als Konsequenz zur Liberalisierung des EU-Luftraums. Bekannteste Vertreter sind Ryanair und easyJet. Auf anderen Kontinenten verlief es mit Verzögerungen ähnlich, wie die brasilianische Gol und die malaysische AirAsia belegen. Mit der Jahrtausendwende tauchten vor allem in Osteuropa und Skandinavien die Lowcoster der 2. Generation auf. SkyEuropa, WizzAir oder auch die Sterling forderten nicht nur die etablierten Full-Service-Airlines heraus. Sie mussten sich auch den Billigfliegern der 1. Generation stellen. Aufgrund des enormen Erfolges wird nun die 3. Geneartion eingeläutet: die heutigen Billigflieger müssen sich zunehmend darauf einstellen, dass ihr Angebot von immer mehr Geschäftsreisenden in Anspruch genommen wird. Dies sind meist Freiberufler, junge Unternehmen aber auch Mittelständler, die ihre Kosten auf allen Ebenen gering halten müssen. Die neuen Lowcoster bieten daher immer mehr Flugrouten zu den Hauptflughäfen an. Zeitoptimierte Frequenzen, Geschäftsreisen am gleichen Tag und problemlose Ticketumbuchungen beschleunigen so die Abwanderung von den alteingesessenen Airlines hin zu den neuen Anbietern.

Rascher Streckenausbau
Am 1. Oktober 2006 wurde der Flugbetrieb mit drei A320 aufgenommen. Die ersten Routen führten nach Genf (2x tägl.), Lissabon (1x tägl.), Zürich (1x tägl.) und Sevilla (6x tägl.) sowie von Sevilla nach Paris Orly (2x tägl.). Zum November kamen Flüge zwischen Valencia und Rom Fiumicino bzw. Paris Orly hinzu.

Eine nächste Eröffnungswelle begann zum Jahresanfang 2007. Im Januar eröffnete clickair Strecken von Barcelona nach Malaga und München sowie im Februar nach Berlin TXL und Prag. Sevilla und Valencia wurden mit London-Heathrow sowie letztere auch mit Mailand-Malpensa verbunden. Ab März 2007 kommen auch Routen nach Frankfurt, Basel-Mulhouse, Dublin und Amsterdam. Im April werden dann mit Malaga, Santiago, Sevilla und Vigo weitere Inlandsziele mit Barcelona verbunden. Weitere europäische Routen sowie Inlandsstrecken werden folgen, denn bis Ende 2008 sieht der Businessplan den Flugbetrieb auf insgesamt 70 Routen zu 55 Städten vor.