Aegean Airlines wurde 1992 der seit 1987 existieren Bedarfsfluggesellschaft Aegean Aviation zur Seite gestellt. Während erstere sich auf VIP und Ambulanzflüge spezialisiert hatte, erhielt letztgenannte am 17. Februar 1992 als erste unabhängige Airline Griechenlands ihr Betriebszertifikat. 1994 kaufte sich die Vassilakis-Gruppe in das Unternehmen ein und baute in den folgenden Jahren den Geschäftsflieger-Zweig mit einer eigenen Learjet-Flotte aus.
Obwohl schon seit Jahren als Fluggesellschaft zugelassen, nahm Aegean Airlines erst im Mai 1999 erste kommerzielle Liniendienste auf. Mit zwei werksneuen Avro RJ100 führten erste Flüge von Athen nach Heraklion, Kreta und Thessaloniki.

Übernahmen
Im gleichen Jahr erwirbt Aegean die 54-prozentige Beteiligung der Reederei Minoan Lines an der mit drei ATR 72 und zwei Fokker 100 ab Heraklion operierenden Air Greece. Wenig später hatte man bereits 78 % unter Kontrolle. Die Fokker 100 wurden durch weitere Avro RJ100 ersetzt werden und Minoan Lines wurde zu einem der wichtigeren Aktionäre bei Aegean Airlines.
Im März 2001 fusionierte Aegean Airlines mit Cronus Airlines. Diese brachte die Boeing 737 sowie einige Strecke in die Ehe. Bis zur vollständigen Integration flog man nun unter dem Namen Aegean Cronus Airlines. Im September 2004 wurde Aegean Airlines von der ERA (European Regions Airline Association) zur „Airline des Jahres 2004/5“ gewählt. Im vorherigen Jahr hatte man hier Platz 3 belegt; im darauffolgenden war es Platz 2.
Seit 2005 ist man Lufthansa-Partner und nimmt am Vielflieger-Programm „Miles & more“ teil. Die Routen der Aegean Airlines werden seitdem auch unter LH-Flugnummer angeboten. Ein Jahr später, im März 2006, ging Aegean Airlines auch mit TAP Portugal ein Kooperationsabkommen ein.

Flottenerneuerung mit Airbussen
Im Dezember 2005 entschied sich die Airline, die bisherige Boeing 737-Flotte durch werksneue Airbus A320 mit V2500-Triebwerken zu ersetzen und platzierte bei Airbus eine Order über zunächst acht Maschinen mit Optionen auf weitere zwölf Flugzeuge aus der A320-Familie. Für weitere drei Maschinen vereinbarte man eine schnelle Anmietung über ILFC. In den folgenden Jahren wurde die Order immer wieder durch Optionswahrnehmung auf inzwischen 19 Maschinen aufgestockt. Zwei Maschinen wandelte Aegean in die größere Version A321 um, die 200 Passagieren Platz bietet, und neue Ziele ab 2008 erschließen soll. Während die ILFC Maschinen recht schnell zur Verfügung standen, landete der erste werksneue A320-200 am 22. Februar 2007 direkt aus Toulouse kommend. 2007 werden insgesamt drei A320 übergeben. 2008 folgen dann acht A320 und die zwei A321, während sechs weitere Airbusse die Order in 2009 komplettieren. Außerdem verfügt Aegean Airlines noch über acht Optionen für A320/321 zur Lieferung in 2010. Wenn alle Airbusse ausgeliefert sind und die alten Maschinen ersetzt haben, verfügt Aegean Airlines über die jüngste Flotte in ganz Südosteuropa.

Streckenausbau
Die neuen A320 sind nicht nur ökonomischer unterwegs – sie ermöglichen auch eine Expansion sowohl im In- als auch Ausland. Als Rumänien und Bulgarien in die EU aufgenommen wurden, band Aegean Airlines die Hauptstädte der beiden Länder an ihr Netz an – liegen diese doch im idealen 3-Stunden-Radius von Athen. Daneben ist für 2008 aber auch ein Ausbau der Routen nach Deutschland und Italien, hier kooperiert man mit dem italienischen Lufthansa-Partner Air One, vorgesehen. Zu den bisherigen sechs Verbindungen sollen fünf neue hinzukommen. Auch nach Istanbul, Belgrad und Kairo streckt man die Fühler aus.